【超級種】全国的に個体数が少ない旅鳥など、上級種よりもさらに観察が困難な種類。全62種。

番号
名前
難易度
備考
写真
215
アオシギ
5
378
アカショウビン
5
531
アカヒゲ
5
421
アカモズ
5
亜種シマアカモズは3
88
アホウドリ
5
257
アメリカウズラシギ
5
597
イスカ
5
3
ウズラ
5
330
ウミスズメ
5
479
エゾムシクイ
5
1
エゾライチョウ
5
留鳥。北海道。
338
エトピリカ
5
266
エリマキシギ
5
305
オオアジサシ
5
163
オオクイナ
5
留鳥。八重山列島、沖縄、宮古島。日中は薄暗い話の中にいることが多く、観察の機会は少ない。
490
オオセッカ
5
局地繁殖。国内では2500羽程度と言われている絶滅危惧種。
319
オオトウゾクカモメ
5
221
オオハシシギ
5
595
オオマシコ
5
99
オナガミズナギドリ
5
115
オーストンウミツバメ
5
冬鳥。繁殖地として、伊豆諸島、小笠原諸島、北硫黄島が確認されている。
264
キリアイ
5
505
ギンムクドリ
5
沖縄
396
クマゲラ
5
154
クロツラヘラサギ
5
少ない冬鳥。九州や沖縄に少数が渡来。
159
クロヅル
5
毎年少数が鹿児島県に渡来するが、そのほかの地区では稀。
333
コウミスズメ
5
数は多いが水深50~100m以上の沖合でみられるため観察が困難。
55
コオリガモ
5
北海道でよくみられる。 
16
コクガン
5
東北北部~北海道南部の各地域で越冬。
114
コシジロウミツバメ
5
北海道東部の島で繫殖。一部岩手の島にも。
367
コノハズク
5
例年観察されている場所があるという。
615
コホオアカ
5
数少ない旅鳥または冬鳥。
376
コミミズク
5
259
サルハマシギ
5
全国的に数少ない旅鳥。
15
シジュウカラガン
5
2014年渡来数1000羽を超え絶滅危惧から回復。宮城県に多くが渡来。
619
シマアオジ
5
絶滅危惧種。とある北海道の原野にて観察可能。
75
シラコバト
5
北埼玉県に生息。生息確認数は103羽。(平成27年度)
103
シロハラアカアシミズナギドリ
5
第7版にて追加。日本では繁殖していないが、太平洋側の沖合でほぼ1年中見られる。
322
シロハラトウゾクカモメ
5
旅鳥。珍鳥と呼ばれることもあるが、ある湾では、多くはないが比較的見やすいという。
96
シロハラミズナギドリ
5
小笠原群島北の島や火山列島で繫殖。非繁殖期は本州中部以北の海上で観察されることがある。
311
セグロアジサシ
5
小笠原諸島、琉球列島などで繫殖。まれにほかの地域にも。
108
セグロミズナギドリ
5
1974年以前はオガサワラミズナギドリと呼ばれていた。小笠原諸島と火山列島の近海では周年見られる。
273
ツバメチドリ
5
西日本の干拓地では少数が繫殖。ほかでは稀。
591
ハギマシコ
5
主に北日本に渡来するが少ない。
324
ハシブトウミガラス
5
冬鳥。オホーツク圏では港湾内にも入りよく見られる。
200
ハジロコチドリ
5
かつては珍鳥だったが最近は増加。数少ない旅鳥。
89
フルマカモメ
5
北日本の沖合に渡来。
153
ヘラサギ
5
少ない冬鳥。北海道から南西諸島まで各地で記録あり。九州では数少ないが、毎年渡来する。以前は鹿児島県に毎年小規模の群れが渡来していた。
589
ベニヒワ
5
年によって渡来数にムラがある。
486
マキノセンニュウ
5
北海道の海岸に近い草地に渡来。北海道では繁殖も。本州以南では旅鳥。
310
マミジロアジサシ
5
琉球諸島の小島や岩礁で繫殖。
576
マミジロタヒバリ
5
272
ミフウズラ
5
南西諸島で留鳥。周年観察される。
559
ムギマキ
5
数少ない旅鳥。
583
ムネアカタヒバリ
5
数少ない旅鳥。
377
ヤツガシラ
5
数少ない旅鳥。
212
ヤマシギ
5
千葉、茨城、新潟、愛知、九州北部に多い。
4
ヤマドリ
5
九州~本州。年々減少中。
189
ヨタカ
5
夜行性。
2
ライチョウ
5
絶滅危惧種。2005年でおよそ3000羽と報告。比較的情報は多め。
428
ルリカケス
5
奄美大島と徳之島のみ。数はすくない。
295
ワシカモメ
5
冬の北海道に多い。