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【稀少種】主に1年～数年に1度程度しか観察記録がない種類。そのため多くは迷鳥である。そのほとんどは特定の図鑑にしか掲載されていない。全52種。
アカアシチョウゲンボウ
稀な旅鳥。アイリング、ろう膜、足が赤橙色。雄は全身灰黒色で、下腹部と腿の赤茶色が特徴。
アカハジロ
稀な冬鳥。雄は頭部が深緑色の光沢、白い虹彩、赤褐色の胸が特徴。脇の白色部が上部まで達する。
アシナガシギ
稀な旅鳥。名前の通り足が長く緑黄色。嘴は細長く、先端がわずかに下に曲がる。
ウミオウム
稀な冬鳥。赤い太い嘴を持ち、下の嘴が上向きに反り返る独特の形状。目の後ろに細い白い飾り羽がある。
オオキアシシギ
稀な旅鳥。アオアシシギより大柄で、足は鮮やかな黄色。腰が白くない（飛翔時）のが識別点。
オオグンカンドリ
迷鳥。大型の海鳥。全体に黒く、オスはのど袋が赤い。長く鋭い翼を持つ。南太平洋に生息し、台風時などに太平洋岸へ稀に飛ばされてくる。
オオズグロカモメ
数少ない冬鳥。夏羽は頭部が黒く、目の上下に白い斑がある。嘴は黄色で、先端に赤と黒の斑がある。
オオヨシゴイ
夏鳥。九州、四国では旅鳥。南西諸島では少数が冬鳥。かつては霞ヶ浦で繁殖が確認されたが、現在は確認されていない。
オーストラリアセイタカシギ
茨城、東京、神奈川、和歌山、鹿児島、奄美大島、沖縄島。国内記録の一部は要再検討。それぞれ数少ない迷鳥。
カラフトアオアシシギ
絶滅危惧IA類。アオアシシギより足が短く黄色いのが特徴。嘴の基部が太く、指の間の水かきが発達している。
カラフトムジセッカ
非常に稀な迷鳥。ムジセッカより大柄で、腰の橙色が強く、眉斑が目先で太いバフ色なのが識別点。
キバラガラ
非常に稀な迷鳥。ヒガラに似るが、お腹が鮮やかな黄色で、2本の白い翼帯があるのが特徴。
キョクアジサシ
稀な旅鳥。アジサシに似るが嘴と足が短く、夏羽では嘴・足ともに鮮やかな赤色なのが特徴。
キンメフクロウ
北海道で僅かに繁殖する稀な留鳥。顔面が白く驚いたような表情に見え、目は鮮やかな黄色（または橙色）。針葉樹林を好む。
クビワキンクロ
稀な冬鳥。キンクロハジロに似るが冠羽がなく絶壁頭。嘴に白い縁取りがあり、脇に白い切れ込みがある。
クロトキ
稀な冬鳥。全身白く、頭部から頸、嘴が黒い。かつては日本でも繁殖していたが、現在は激減。西日本などに稀に越冬のために飛来する。
コキアシシギ
数少ない旅鳥。北海道、本州、沖縄の記録。越冬記録も。1999、2000、08、11、12、13、14、16の記録あり。
コケワタガモ
迷鳥。オスは頭部が緑・白・黒の複雑な模様で、胸は桃色。北極圏で繁殖し、冬に稀に北海道などの沿岸部へ迷い込むことがある。
サバンナシトド
胸に細かい縦斑があり、眉斑に黄色味がある。迷鳥として日本各地で記録があるが、観察例は数年に一度程度の稀な種。
シマクイナ
希少種。小型のクイナ。背面は黄褐色で黒い斑点があり、翼の白斑が飛翔時に目立つ。湿地や草地に生息し、警戒心が強い。絶滅危惧種。
シラヒゲウミスズメ
稀な冬鳥。小型の海鳥。夏羽では目の上下に白い飾り羽が伸び「白髭」に見える。北極圏で繁殖し、冬に北海道などの北日本の海上で稀に見られる。
シロアジサシ
台風後に飛来する迷鳥。小笠原諸島や南西諸島、北海道や本州にも渡来記録あり。南鳥島で古い繫殖記録あり。
シロフクロウ
日本でも北海道で稀に現れる。1968－87間に北海道各地から27例の記録あり。
ズグロチャキンチョウ
全国の飼育数から、篭脱けの可能性は近年少なくなっている。過去の記録は少ないが、2009、2010、2013、2015の記録あり。
セグロカッコウ
数少ない旅鳥。日本海側の島での記録多め。1990年以降は例年の記録あり。
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