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【珍種】一般的に珍鳥と呼ばれる種類。舳倉島や南西諸島などの離島でも観察が容易ではない種類も含まれる。全57種。
アオツラカツオドリ
尖閣諸島、西之島で繁殖。2016年、西之島の調査にて、大群が生息していることが確認された。絶滅危惧種Ⅱ類
アカオネッタイチョウ
非常に稀な迷鳥。全身ほぼ白色の海鳥。赤い嘴と、中央2枚の赤い長い尾羽が最大の特徴。
アカガシラサギ
少ない冬鳥。南西諸島、兵庫にて越冬記録、旅鳥として秋田、熊本、千葉で繁殖例も。
アカツクシガモ
稀な冬鳥。全身が鮮やかなオレンジがかった茶色で、嘴、足、尾は黒い大型のカモ。
アカハシハジロ
稀な冬鳥。雄は丸みのあるオレンジ色の頭部と赤い嘴、黒い胸が特徴。雌は頬が灰白色。
アマミヤマシギ
奄美諸島・徳之島の固有種。ヤマシギより黄色みが強く、足が太く長い。夜行性。
アムールムシクイ
日本海側での記録が多い。飛島、竹島、福岡、対馬で、まれな旅鳥。ほかの地域で迷鳥。正式な記録は少ないが、意外と日本海側を渡っているという情報も。外見でのエゾムシクイとの識別は非常に困難のためか、国内での情報が少ない。虫のような「フィリフィリフィリ」という囀りによる識別が多い印象。
イイジマムシクイ
日本固有種。伊豆諸島・トカラ列島で繁殖。黄白色の眉斑が嘴の根元まで明瞭なのが特徴。
イヌワシ
絶滅危惧IB類。大型のワシ。後頭部から首筋の金色の羽毛が特徴。飛翔時は翼が長く見える。
ウチヤマセンニュウ
絶滅危惧IB類。全体に灰褐色で、嘴が長く、尾の先端（中央以外）に小さい淡褐色の斑がある。
ウミガラス
絶滅危惧IA類（天売島で繁殖）。ペンギンのように直立歩行する。嘴は長く、根元に白線はない。
オオコノハズク
全長約25cm。後頸に灰白色の斑があるのが特徴。目はオレンジ色で、コノハズクより一回り大きく、夜間に「ボーッ」と低く鳴く。
オオチドリ
稀な旅鳥。ムナグロより大型で、長い脚を持つ。夏羽では胸が鮮やかな赤褐色になる。東アジアに分布。日本では主に春の渡り時期に記録される。
オガサワラカワラヒワ
カワラヒワの亜種から種へ。日本固有種。無人島で繁殖。毎年個体数が減少し、深刻な状況。母島列島に２００羽、南硫黄島に１００羽しかいないのではと推定される。小笠原群島、硫黄列島で留鳥、冬鳥。絶滅危惧種。カワラヒワと比べて体は小さく、硬くて大きな種子を食べるため嘴は大きい。母島では集落でも観察されることがある。
オガワコマドリ
稀な旅鳥。雄は喉が鮮やかな青色で、下部に橙色、青、黒の帯模様がある。和名は採集者にちなむ。
オジロビタキ
稀な旅鳥。尾羽外側が白く、動作時に尾を上げる。上下の嘴が黒く、上尾筒が漆黒なのが特徴。
カナダヅル
稀な冬鳥。毎年１〜２羽が記録されている。多くはタンチョウやナベヅルの群れに混じっている。
カラアカハラ
旅鳥。中国大陸で繁殖。オスは頭部と胸が灰色、腹は白く、脇がオレンジ色。日本海側の離島などで観察されることが多い。
カラシラサギ
旅鳥。コサギに似るが嘴が黄色。冠羽が長く、泥地などで採食する。世界的に希少なサギ。
カラムクドリ
稀な旅鳥。ムクドリより小型。雨覆と腰が白く、静止時・飛翔時ともに目立つのが特徴。
カリガネ
冬鳥、迷鳥。毎年渡来するが数は少ない。冬季に伊豆沼に少数渡来する。しばしばマガン群中で見られる。
カワリシロハラミズナギドリ
非常に稀な迷鳥。羽色は暗色から淡色まで多様。翼下面の前縁に細い白帯があるのが識別点。
キマユホオジロ
稀な旅鳥。名前の通り、鮮やかな黄色の眉斑が最大の特徴。頭央線は白く、冠羽を立てる。
キマユムシクイ
稀な旅鳥。小型のムシクイ。明瞭な2本の黄白色の翼帯と、クリーム色の眉斑が特徴。
キンバト
絶滅危惧IA類。背と翼が金属光沢のある美しい緑色。嘴は赤く、腰に2本の白い線がある。
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